Ο ιός του Δυτικού Νείλου απομονώθηκε για πρώτη φορά σε μία γυναίκα στην επαρχία Δυτικού Νείλου της Ουγκάντας το 1937. Αναγνωρίστηκε σε πτηνά στην περιοχή του δέλτα του Νείλου το 1953. Πριν από το 1997 ο ιός δεν θεωρείτο παθογόνος για τα πουλιά, αλλά εκείνη την εποχή στο Ισραήλ ένα πιο μολυσματικό στέλεχος προκάλεσε τον θάνατο διαφόρων ειδών πουλιών...